행안부는 우선 주택 피해 주민들에게는 이번 사건의 특수성을 고려해 평상시보다 더 높은 수준으로 책정한다는 방침을 세웠다. 당초 정부는 피해 주민들에 대한 보상 기준을 민방위기본법에 준하기로 결정했다. 하지만 민방위기본법에 따른 보상 및 지원 전례가 없어 구체적인 기준이나 규모 등이 마련돼 있지 않다. 따라서 행안부는 연평도의 경우 주택파손 등 주민피해를 복구하는 데 필요한 비용은 실비 지원키로 하고 자연재해에 따른 피해 보상액보다는 더 많이 지원해 준다는 방침을 따로 정했다. 자연재해로 인해 주택이 완전히 파괴됐을 경우 900만원, 반파는 450만원을 지원해 왔다. 행안부가 인천시 옹진군 관계자, 감정평가사 등과 함께 연평도 피해 현황에 대한 실사를 한 결과 주택 29채가 완전히 파손됐고, 5채는 반파, 80채는 부분 파손된 것으로 조사됐다. 또 포격으로 파손된 자동차 10여대는 보험사의 등록가격 등을 토대로 지원금액을 결정하기로 했다.
이와 달리 행안부는 일부에서 주장하는 거주지 이전대책 마련에는 난색을 표하고 있다. 옹진군은 서해5도 주민에 대한 안정 지원 대책과 함께 연평도 주민들의 분산이주대책을 촉구했다.
안양호 행안부 2차관은 이날 MBC 라디오 ‘손석희의 시선집중’에 출연, “정부로서는 연평도 주민들이 육지에 완전히 이주하기 보다는 여태까지 살아오던 본래 삶의 터전에서 다시 안정된 생활을 할 수 있도록 도와주고, 피해시설들을 빨리 복구해 편안하고 안정된 연평도 생활을 계속할 수 있으면 하는 것이 바람”이라고 밝혔다. 행안부 관계자는 “연평도 주민들의 거주지 이전에 대해서는 검토하고 있지 않다.”고 설명했다. 섬을 완전히 비우는 것은 국토 관리 차원에서 있을 수 없는 일이며 거주지 이전이 모든 주민들의 공통된 의견도 아니라는 것이 행안부의 입장이다.